有效发明专利指仍然受到法律保护的已授权发明专利，是衡量地区和单位自主创新能力和核心竞争力的一项重要指标。现状表明，新疆有效发明专利主要集中在科研院所和高校，企业技术创新主体地位远未形成。
    截至2012年6月30日，新疆有效发明专利共计1134项，每万人拥有0.52项，仅高于江西、广西、青海、西藏四省区，与全国2.79项/万人相差甚远。其中，科研院所和高校406项，占35.80%，分别由33个单位拥有，平均每个单位12.30项，密集度较高；企业387项，占34.13%，远低于全国企业平均水平（56.64%），且分别由184家企业拥有，平均每个企业2.1项，密集度很低；其余为个人和机关团体拥有，分别占总数的28.57%和1.50%。拥有5件以上有效发明专利的单位共有31个，排在前七位的都是科研院所和高校，但由于缺乏中间试验和生产性试验平台以及相应资金，大多数有效发明专利还未产业化应用，形成了专利技术闲置。现有上市公司中，72%的企业没有有效发明专利，其核心竞争力仍然是资源优势而不是技术和知识产权优势。

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