根据科技部相关管理办法和规定，兵团科技局于2009年制定印发了兵团国际合作基地的管理办法，开始受理国际科技合作基地申报。2010年和2011年分别批复建设了“节水灌溉技术兵团国际科技合作基地”和“绵羊疾病控制兵团国际科技合作基地”。2013年4月11日，兵团科技局又行文批复“新疆地方与民族高发病兵团国际科技合作基地”和“绿洲现代农业生产与资源高效利用兵团国际科技合作基地”的建设资格，至此，兵团国际科技合作基地增加至4家。

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