鉴于禽流感病毒已经在非洲大陆出现，南非卫生部近期完成了《人类流感预防计划》草案，为未来可能在南非出现的流感提供管理和预防框架。该计划提出建立由卫生部和南非传染病研究院领导的“疾病爆发反应小组”；建议由政府部门、私营卫生部门、药品生产商和社区共同投入力量。该计划还提供了如何预防和控制传染病的指南。

    《人类流感预防计划》草案提出了几项措施，使南非能从容应对可能发生的任何流感，如：保证必要的紧急情况应对服务、监督疫情、研究和评价、调查和治疗已发生的疫情。
在南非卫生部宣布即将出台这项计划后，南非地方政府迅速做出反应，策划省级流感预防计划。西开普省卫生部门官员称，该省已经组成技术小组，正在制定一项应对禽流感的综合计划。城市卫生主管官员介绍，该计划包括预防措施，如在机场防止疫情进入南非；还包括如何处理已经受到感染的病人及提高公众对疾病的认识以防出现恐慌等内容。

    位于约翰内斯堡的生物疫苗研究所正在开展在南非生产流感疫苗的可行性研究，预计于2006年7月完成。目前，整个非洲大陆只有埃及有一家流感疫苗生产商。另外，位于比勒陀利亚的Onderstepeprot兽医研究所正在检测当地的鸟类和迁移来的候鸟，以防止其携带H5N1病毒。