2006年10月11日，科学技术部、云南省人民政府在北京签订《科学技术部、云南省人民政府工作会商制度议定书》，科技部党组书记、部长徐冠华，云南省委副书记、省长徐荣凯，科技部副部长尚勇，云南省副省长高峰，科技部、云南省有关部门负责人出席签字仪式。签字仪式由尚勇副部长主持，高峰副省长介绍了云南省的相关情况。徐冠华部长、徐荣凯省长分别代表科技部和云南省人民政府在议定书上签字，并作了重要讲话。
　　
    当前正值我国科技发展的重要战略机遇期。在今年年初召开的全国科技大会上，党中央、国务院确立了走中国特色自主创新道路、建设创新型国家的重大战略，这是新世纪、新阶段党和国家全面加强科技工作的宣言书和动员令，标志着我国经济社会发展战略的重大调整。科技部与云南省人民政府建立部省工作会商机制，是从贯彻落实十六届六中全会关于努力建设和谐社会的精神出发，发挥云南特色和优势、依靠科技进步和创新促进云南经济社会发展的重大举措；是贯彻全国科技大会精神、增强自主创新能力、加快区域创新体系建设、推进创新型国家建设的重大举措。部省工作会商机制的建立，必将对进一步加强部省联系与合作，围绕解决云南重大科技需求，有效集成中央和地方的科技资源，加快创新型省份建设步伐，并促进云南省在西部大开发战略实施中发挥更为重要的作用。
　　
    为充分发挥云南生物资源、矿产资源等资源优势，把科技部与云南省的合作作为科技支撑西部大开发的试点，《科学技术部、云南省人民政府工作会商制度议定书》明确了五个方面的主题及会商内容：一是共同推进生物质能源产业化工程建设；二是共同推进云南有色金属新材料产业化基地建设；三是共同推进中药现代化科技产业（云南）基地建设；四是共同推动云南花卉星火产业带的发展；五是共同推进云南特色动物资源实验动物产业化开发及共享平台建设。以上五个方面的主题及会商内容是科技部与云南省多次协商后，精选凝练出来的，既符合国家的重大需求和战略目标，又体现了云南的特色和优势。
　　
    《科学技术部、云南省人民政府工作会商制度议定书》决定成立“部省合作委员会”。“部省合作委员会”主任由科技部部长和云南省省长共同担任，副主任由科技部副部长和云南省分管副省长担任，成员为双方有关部门的主要负责人，“部省合作委员会”每年会商一次，协调重大合作事项，部署相关工作。
　　
    徐荣凯省长对科技部、云南省政府工作会商制度的建立表示祝贺。他指出，云南作为西部地区的一个边疆、民族、山区省份，必须把提高自主创新能力作为经济结构调整和增长方式转变的中心环节，把加强自主创新能力作为云南抓住机遇、应对挑战，加快经济发展、促进社会和谐的重大战略。“十五”期间，在科技部的指导和支持下，云南省科技工作迈上了新台阶，自主创新能力不断提高，科技对经济社会发展的支撑作用显著增强。
　　
    徐荣凯省长强调，部省工作会商制度的建立是云南省经济社会和科技事业发展中的一件大事，对深入贯彻全国科技大会精神，推进部省合作，加快西部大开发，促进云南经济社会全面发展，将产生重要而深远的影响。徐荣凯省长表示，云南省将以此为契机，进一步深化与科技部的合作，围绕议定书的主题和内容，加强领导，增加投入，创新机制，狠抓落实，举全省之力，确保与科技部合作共建的重大项目的实施和重点工作的开展，共同为建设创新型国家作出贡献。
　　
    徐冠华部长在讲话中对云南省的科技工作给予了充分的肯定，他指出，《科学技术部、云南省人民政府工作会商制度议定书》的签订是科技部实施部省合作、探索地方加强自主创新机制的又一重要举措，也是科技部和云南省为共同推进区域科技经济社会发展走出的重要而坚实的一步。云南省是较早与科技部建立部省工作会商制度的西部省份，希望通过双方的努力，加强科技对西部开发的支撑引领作用、促进西部地区加快发展。科技部将在重点工作领域、重大项目实施、重要基地建设等方面给予重点支持。
　　
    徐冠华部长强调，建立部省工作会商制度有利于把国家需求和地方优势结合起来，整合科技资源，调动各方的积极性，共同推进一些重点科技工作和组织实施一批重大项目，切实提高科技对区域经济社会发展的支撑和引领作用。加强部省合作，必须贯彻十六届六中全会精神，充分发挥科技在构建和谐社会中的支撑作用，形成万马奔腾的科技工作新局面，努力建设创新型国家。