会议听取了三河（辽河、淮河、海河）、三湖（太湖、巢湖、滇池）、一江（松花江）、一库（三峡库区）、东江、洱海十大重点流域项目、国家大数据平台和水专项“十三五”集成课题等实施进展情况的汇报，传达了科技部关于国家科技重大专项2020年重点工作和有关要求，部署了水专项2020年重点工作并提出下一步工作要求。2020年水专项重点做好四方面工作任务：一是深化落实部省合作备忘录，继续开展重点流域（区域）实施情况调研，加快工程示范建设并保持稳定运行，加强水专项综合示范区建设；二是继续实行 “一通报、二约谈、三终止”动态管理机制；三是对照水专项“交帐目标”，全面总结水专项实施成果成效；四是加强水专项成果宣传、推介和转化应用。加强与部相关业务司局对接，积极为“十四五”流域规划编制等提供技术支撑；强化与相关地方省（市）主管部门对接，在黄河流域等持续开展技术成果推广和交流活动，支撑碧水保卫战。
会议强调，2020年水专项要坚决贯彻习近平总书记关于疫情防控的重要指示和党中央重大决策部署，在全力抓好疫情应对工作的同时，按计划统筹抓好水专项的实施，确保预期战略目标实现。要强化成果总结凝练，在成果总结的科学性、实用性上多下功夫，进一步提升水专项成果水平和显示度；要进一步创新工作方法，加大水专项科技成果转化应用力度，将科技转化为实实在在的生产力，为打好打胜污染防治攻坚战提供有力的科技支撑。
会议特别强调，水专项实施进入攻坚阶段，参与水专项实施的全体管理和科研人员要筑牢思想防线，严守廉洁自律和保密有关规定，特别注意经费的使用安全问题，保持良好工作作风和工作状态，确保圆满完成各项工作任务。
科技部重大专项司有关同志，生态环境部科技与财务司、住房和城乡建设部标准定额司、水专项管理办公室、地方水专项管理部门有关负责同志，水专项总体组专家、标志性成果责任专家以及相关项目（课题）负责人等300余人通过视频方式参加了会议。同时邀请长江流域等六大相关流域生态环境监督管理局参加了会议并进行交流发言。
